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構造遺伝子間をつなぐDNA配列のこと。細菌では1つの転写単位を形成するオペロンにある構造遺伝子間の配列、真核生物ではリボソームRNA遺伝子、ヒストン遺伝子、転移RNA遺伝子などの反復DNA配列での各遺伝子間の配列がこれにあたる。
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